Flakfortet er det yngste af Københavns søforter og blev anlagt på en kunstig ø i årene 1910 til 1916. Fortet skulle fungere som fremskudt forsvarsværk og beskytte hovedstaden mod angreb fra søsiden samtidig med, at det skulle kontrollere indsejlingen til byen. I sin aktive tid var fortet bemandet med omkring 550 soldater.
Fortets militære funktion ophørte i 1957, men få år senere – fra 1965 til 1968 – blev det igen taget i brug, denne gang af Flyvevåbnet, som etablerede en Hawk-missilbase på øen. Da raketbatterierne blev fjernet, blev fortet efterladt til vind og vejr. Både bygninger og inventar blev over tid ødelagt af hærværk og manglende vedligeholdelse.
Selv om mange i dag forbinder navnet med det tyske luftværnsartilleri fra Anden Verdenskrig – “Flak” – har navnet en helt anden oprindelse. Det stammer fra det gamle danske ord for lavt vandområde, et flak, som netop kendetegner det sted, hvor fortet blev opført: Saltholms flak.
I 1975 fik Københavns Sejlunion mulighed for at bruge øen, og offentligheden fik adgang. Det blev begyndelsen på en ny rolle for Flakfortet som udflugtsmål. I 1998 blev anlægget overdraget til det statslige ejendomsselskab Freja, som tre år senere solgte det til det svenske selskab Malmökranen AB.