I 1887 igangsatte den tyske kejser udgravningen af Kielerkanalen. Det var en trussel mod den danske andel i den østersøiske transithandel. Kielerkanalen forbandt Frihavnen i Hamborg med Østersøen, og skibene behøvede ikke længere gå nord om Jylland. Danmark risikerede at blive en handelsmæssig udørk.
Som modsvar satte regeringen gang i et af datidens største anlægsprojekter: En dansk frihavn, der toldmæssigt blev betragtet som udland. Frihavnen stod færdig i 1894 og blev hurtigt en af havnens store drivkræfter. Snart blev oplagringspladsen i Frihavnen så utilstrækkelig, at skibe måtte ligge og vente i flere dage, før de kunne komme af med deres last. Løsningen blev en frihavnsudvidelse, og i 1918 kunne Sundmolen, Redmolen og Kronløbsbassinet indvies. Fra 1970’erne skabte ændrede fragtformer og containertransport nye behov i Frihavnen, og landvindinger flyttede havnefunktionerne længere mod nord. Det gav Nordhavn sin moderne form, og området vokser stadig, senest med Nordhavnsudvidelsen (2012-2022) på 1 mio. m2.
